La estructura de una mitocondria es muy parecida a la de las bacterias aerobias, tanto en su morfología como en su fisiología. Pero lo sorprendente de las mitocondrias es que poseen un genoma propio. Un genoma de doble hélice circular, como el de las bacterias, que se replica independientemente (aunque con ayuda del núcleo celular). Esta semejanza con los procariontes y su necesidad del núcleo celular llevó a que se propusiera la denominada hipótesis endosimbionte, que postula, que, en algún momento en el desarrollo de la vida, las bacterias aerobias penetraron en el citoplasma de otras células anaerobias y allí se quedaron ya que los desechos de la bacteria aerobia le servían a la anaerbica.
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